Кыргызская государственная юридическая академия образована Указом Президента Кыргызской Республики 12 августа 2003 года в целях подготовки юридических и научных кадров для государственных и негосударственных учреждений и организаций, а также переподготовки и повышения их квалификации. Научно-исследовательская работа в КГЮА проводится в рамках следующей темы: «НАУЧНО-ПРАВОВОЕ ЭКОНОМИЧЕСКОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ КЫРГЫЗСКОЙ РЕСПУБЛИКИ В УСЛОВИЯХ РЕФОРМИРОВАНИЯ ГОСУДАРСТВЕННОГО УПРАВЛЕНИЯ И СИСТЕМЫ ОБРАЗОВАНИЯ». На основании темы КГЮА определены темы для исследования факультетов и кафедр, в рамках которых планируются и проводятся такие научные мероприятия, как конференции, круглые столы, семинары, курсы повышения квалификации, дебаты и т.д., с участием представителей общественности, работников правоохранительных и судебных органов, представителей ВУЗов, неправительственных организаций, преподавателей и др. Результатами проведенных конференций и круглых столов, семинаров являются выработанные рекомендации и предложения по совершенствованию действующего законодательства Кыргызской Республики. Выработанные предложения с рекомендациями направляются в соответствующие органы государственной власти. 

 Решением Ученого Совета КГЮА 25 марта 2010 года создан Научно-консультативный комитет КГЮА. Основная цель Научно-консультативного комитета КГЮА заключается в обеспечении условий эффективного управления научной деятельностью КГЮА, научно-практического решения основных задач, стоящих перед КГЮА на новом этапе развития, разработки принципов качественной подготовки кандидатов и докторов наук.

 В академии работают 6 докторов юридических наук, это Шаршеналиев А.Ш., Курманов К.Ш., Ким О.Д., Дуйсенов Э.Э., Керезбеков К.К., Джаянбаев К.И.,, и более 50 кандидатов наук, из них 22 кандидата юридических наук.

 Научно-исследовательская работа студентов ведется в рамках организованных в профильных кафедрах научно-исследовательских кружках. В рамках профильных кафедр действуют следующие научные студенческие кружки: «Процессуалист», «Адилет», «Жаш илимпоз», «Юкус», «Lex», «Ала-Тоо келечеги», «Уголовное право», «Цивилист», «Юса», «Эколог» и др.

 Кыргызская государственная юридическая академия при Правительстве Кыргызской Республики является учредителем совместно с Кыргызско-Российским Славянским университетом Диссертационного совета по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата юридических наук.

 Диссертационному совету разрешено принимать к защите диссертации по специальностям: 12.00.08 - уголовное право и криминология; уголовно-исполнительное право; 12.00.09 – уголовный процесс и криминалистика, оперативно-розыскная деятельность.

 Подготовка докторантов, аспирантов и соискателей по юридическим специальностям в КГЮА ведется Центром непрерывного образования и экспертизы КГЮА. 

 Кыргызская государственная юридическая академия является учредителем журнала «Вестник КГЮА». Журнал зарегистрирован в Министерстве юстиции Кыргызской Республики и включен Национальной аттестационной комиссией КР в перечень изданий для публикаций основных научных результатов диссертаций в Кыргызской Республике. В «Вестнике КГЮА» публикуются оригинальные научные материалы, освещающие актуальные проблемы отраслей знания, представленных в научно-исследовательской деятельности КГЮА, а также направленные на внедрение результатов научных исследований в образовательную деятельность.